1、玛雅人之所以一夜之间消失了是因为自然灾害所致。中美洲也是强烈地震曾经发生的地方，该地区历史上曾出现震级较强的地震。历史上，玛雅人所居住的地区，也难免遭受地震之害和风灾之苦。频繁出现的自然灾害，对于玛雅人来说，不仅形成了威胁，也使兴旺发达中玛雅人经受了严峻的考验。在屡屡遭受灾害之苦以后，玛雅人自然会思量摆脱困境的办法。在无法摆脱困境的情况下，玛雅人的很自然地会考虑退却之路。经过精密的安排之后，就出现了玛雅人大逃亡的一幕。总而言之，玛雅人的消失跟玛雅文明一样神秘，至今没有定论。

2、外敌侵扰所致。据调查，玛雅人十分仁慈，对于人间争斗是不赞成的，也别是人为人杀人更是不可理解的。就连宰杀动物都是不允许的，所以在与相邻的人类交往中，总是处于弱者的地位。倘若有外界的入侵，玛雅人必然以失败告终。玛雅人在抵抗无力的情况下，还是会采取躲避的策略，从而导致整体的迁徙。

3、人口爆炸。玛雅人居住的地区本身不大，它所营造的居住城市更小。在如此狭小的面积上，人口无节制的繁殖，兴盛时期曾达到数百万人。如此庞大的群体，在当时应该看成是个重大的社会负担。当承受能力达到崩溃点时，他们的头领必然作出一定的决断，从而导致大规模、闪电般的移民，繁荣昌盛的玛雅石造城市在一夜之间成了空城。

4、粮食不足所致。玛雅人当时选择居住地区时，就忽视了农业的生产条件。他们所处的地方土地不肥沃，不适宜种植谷物，只能种植红薯之类的副食品充饥，或者以木瓜、香蕉、柑桔之类的果品为食。而且所收获的数量肯定远远满足不了人口的需求，用寅吃卯食来形容当时玛雅人的饮食困难，应该是个真实写照。

5、疾病传播所致。据考证，玛雅人昌盛时，居住地区是比较文明卫生的，而且医疗条件也好于在周围的人类。然而通过相邻的人类交流，把当时存在于社会的种种传染病，有意无意传播到了玛雅人的居住区，从而导致传染病的流行。这样不仅危机成年人的健康，也影响他们后代的生长。在当时的情况下，玛雅人避开疾病的传播和替子孙后代着想，决定离开居住地，迁徙一个新的天地开始新生活也不是不可能。

6、内部暴乱所致。据考古研究，在阿兹特克人到达陶帝华康城时，这座古城已经荒废了。考古学家认为，大概是那儿发生了推翻僧侣神权统治的暴动，其现存的神像统统被砍掉了脑袋。祭祀神庙遭捣毁的事实，也暗示了这一点。据此推测，也许玛雅人消失的原因也是这样。大量祭祀、压迫使人民起来反抗，于是玛雅统治世界发生了大暴乱，导致玛雅文化的灭亡。

7、随祖先沉入大海所致。有学者认为，在大西洋中曾有一个大西洲，经济繁荣，文化发达。可在10000多年前的某一天，它一夜之间沉入大海毁灭了。翻开地图可以发现，大西洲的位置离尤卡坦半岛很近。德国科学家莫克认为，玛雅人在公元前8499年6月5日12时开始了他们的新纪元。在玛雅人中流传着这样一句话：“世界由5个太阳主宰，一个太阳代表一个纪元”。所以认为，若上述材料真实可靠，那么，也许玛雅人会是幸存在大西洲人和美洲当地人的后代。他们深知祖先的毁灭，他们认为在公元后的某一天，又一个纪元将灭亡，所以集体向被迁移，并在之后的某一天，集体跳入大西洋，逃避世界的灭亡。当然，这一说还有待论证。